O SINAES prevê três eixos de acompanhamento e avaliação, que integrados buscam traçar um diagnóstico da qualidade dos cursos e das Instituições de Ensino Superior – IES:
1. Avaliação das Instituições de Educação Superior:
a) Auto-avaliação ou Avaliação Interna – coordenada pela Comissão Própria de Avaliação (CPA) de cada IES compreende a sistematização e análise de informações referentes as seguintes dimensões:

• Missão e o Plano de Desenvolvimento Institucional;
• Política para o ensino, a pesquisa, a extensão e a pós-graduação;
  Responsabilidade institucional da instituição;
• Comunicação com a sociedade;
• Políticas de pessoal, de corpo docente e corpo técnico-administrativo;
• Organização e gestão da instituição;
• Infra-estrutura física;
• Planejamento;
• Políticas de atendimento aos estudantes;
• Sustentabilidade Financeira.

b) Avaliação Externa – realizada por comissões de avaliadores externos designados pelo INEP;
      2. Avaliação dos Cursos de Graduação: realizada através de visitas in loco de comissões externas, é o procedimento utilizado pelo MEC para autorização, reconhecimento ou renovação de reconhecimento dos cursos de graduação;

     3. Avaliação do Desempenho dos Estudantes (Exame Nacional de Avaliação de Desempenho dos Estudantes – ENADE) – tem como principal objetivo avaliar o rendimento dos alunos dos cursos de graduação, por meio de uma prova, que é aplicada a uma amostra de estudantes dos cursos ofertados pela IES.